Comunque sarebbe un errore pensare che la melatonina sia un tipo di farmaco afrodisiaco od una specie di "pillola della passione"!
La melatonina assunta concordemente ai ritmi circadiani notturni protegge la ghiandola pineale così mantenendo una fisiologica e giovanile sessualità. La melatonina non è essa stessa un ormone sessuale, ma aiuta a mantenere le funzioni sessuali.
Nonostante la melatonina controlli le funzioni riproduttive in molte specie , come, ad esempio, nelle pecore, ciò non avviene per gli esseri umani. Al contrario se assunta in dosaggi massicci in giovani donne fertili , la melatonina inibisce la secrezione delle gonadotropine dalla ghiandola pituitaria e conseguentemente l'ovulazione. la melatonina protegge l'apparato riproduttivo, sia femminile che maschile, dall'invecchiamento.